蛋白与DNA的相互作用在DNA修复、复制及传输中起着重要作用。多识别位点的内 切酶与DNA作用成环状结构（DNA looping）在许多基础的生物化学过程承担着重要角色。其中2个识别位点的限制性内切酶与线性DNA分子的相互作用为蛋白调节的DNA looping 结构提供了基本模型。DNA looping 能够增强或者抑制基因的表达。 最近，银河集团:198net王艳伟，冉诗勇和杨光参老师合作，利用单分子研究技术（原子力显微镜、磁镊）研究了限制性内切酶（BspMI）导致的DNA成环及聚集过程，并 且区分特异性与非特异性蛋白识别的区别。同时用磁镊的力谱曲线发现，要拉开内切酶聚集所引起的环状结构所用的力比特异性识别形成的环状结构的力要大。